As áreas de aplicação e investigação centram-se no Desenvolvimento Regional e Local, Assessoria e Consultoria Jurídica, Estratégia Empresarial e Organizacional, Gestão da Qualidade, Novas Tecnologias de Informação, Engenharia Industrial e Gestão de Sistemas de Informação.
O CIICESI integra investigadores e especialistas em várias áreas das Ciências Empresariais e Sistemas de Informação e o impacto da contribuição científica deve-se à natureza interdisciplinar do centro e à aplicação de técnicas de Inteligência Artificial, Análise de Dados e Tomada de Decisão.
As atividades de I&D do CIICESI são complementadas pelo Gabinete de Apoio ao Empreendedor (GAE), que assume a responsabilidade da transferência de conhecimento científico e tecnológico do Centro de Investigação.
